环境工程的研究生主要有以下方向：
1） 水污染控制工程方向：主要研究低碳水污染控制新技术研发、 
水污染控制设施优化调控新技术、水污染控制设施管理政策、绩效及节能减排对策。
2） 大气污染防治研究方向：它涵盖了广泛的领域，包括室内微环境、城市和区域空气污染、气候和全球变化、大气化学等。
3） 固定废物处置方向：主要研究清洁生产和减少固体废物、废物焚烧和危害控制技术、电子废物处理和处置。
4） 环境影响pin估方向：更注重理论层面，主要从事政策研究和影响环境的各种因素（水、大气、噪声和生态）的研究。
5）环境微生物方向：它主要利用现代分子和遗传学来研究环境微生物和环境生态学。研究对象非常广泛，包括海洋浮游生物、沉积物、动物微生物系统和地表以下微生物的栖息地。麻省理工学院微生物实验室研究人员的研究更为广泛，涉及单个细胞、个体、社会动物，以及整个微生物和生态系统。
环境工程主要研究如何保护和合理利用自然资源，运用科学手段解决日益严重的环境问题，提高环境质量，促进环境保护和社会发展。
影响和导致环境恶化的各种因素是环境工程的研究对象，主要包括废水、废气、废渣、噪声生活和工业废物、生活和工业污水、汽车尾气和建筑噪音等等，一直影响着我们的生活和工作。环境保护的工作就是研究和解决这些问题。生活中常见的自来水厂、污水处理厂、垃圾处理场和环境监测站是实施环境工程的场所。
环境工程是一门新兴的交叉学科，涉及化学、生物学、微生物学、工程力学、数学、生态学等基础学科。环境工程的主要分支包括水污染控制工程、空气污染控制工程、固体废物处理与处置、环境影响评价、给排水工程、水资源处理与供应、生态修复工程、噪声控制工程、，核污染控制工程与生态恢复。